杉山研究室

京都大学 複合原子力科学研究所

粒子線物性学研究室

Sugiyma Lab. Radiation Material Science, Kyoto University

研究室を志望する学生を募集しています。

研究装置

ようこそ杉山研究室へ!

私たちの研究室は、自然豊かな大阪府熊取町の京都大学複合原子力科学研究所にあります。他に類のない実験装置群を備える充実した研究環境の中で粒子線を用いたナノスケールのタンパク質複合体構造解析を行っています。 また実験は国内外の原子炉・加速器中性子源に設置された最先端の施設も利用して行います。 研究室では、若い研究者が個性を発揮し、伸び伸びと研究しています。 博士・修士課程、学部4回生を希望される方、 これまでの研究や出身大学を問わず意欲をもって共に研究に取り組んでみようという学生や若手を歓迎します。旅行好きの方も大歓迎です。 研究室の見学や相談なども歓迎しています。気軽にお問い合わせ下さい。

≫研究室志望者の方

News&Information

研究成果
Angewandte Chemie 誌に以下の論文が掲載されました。
Aya Okuda,Masahiro Shimizu,Rintaro Inoue,Reiko Urade,Masaaki Sugiyama, ,
"Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance"
Angewandte Chemie, (2022)
URLアイコン https://doi.org/10.1002/ange.202214412
- Press release from Kyoto univ. 2022/12/27
タンパク質の高効率・多段階連結反応を実現
-実験と計算の協働による新たなタンパク質標識戦略-

- Newspaper article (The Daily Industrial News) 2022/12/30
京大、たんぱく質「3ドメイン」で高効率・連結反応成功 計算予測を活用
活動報告
活動日記ページが更新されました。
2022/5/18-31, 6/16-20 中性子散乱実験(SANS-U@JRR-3)
研究成果
Scientific Reports誌に以下の論文が掲載されました。
Masahiro Shimizu,Aya Okuda,Ken Morishima,Rintaro Inoue,Nobuhiro Sato,Yasuhiro Yunoki,Reiko Urade,Masaaki Sugiyama
"Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations"
Scientific Reports, 12 (2022) 9970
URLアイコン https://doi.org/10.1038/s41598-022-13982-9
お知らせ
ホームページをリニューアルしました。
研究成果
Communications Biology誌に以下の論文が掲載されました。
Y. Yunoki, A. Matsumoto, K. Morishima, A. Martel, L. Porcar, N. Sato, R. Yogo, T. Tominaga, R. Inoue, M. Yagi-Utsumi, A. Okuda, M. Shimizu, R. Urade, K. Terauchi, H. Kono, H. Yagi, K. Kato, M. Sugiyama,
"Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach",
Communications Biology, 5 (2022) 184
URLアイコン https://doi.org/10.1038/s42003-022-03143-z
- Press release from Kyoto univ. 2022/3/11
巨大タンパク質複合体による概日リズム制御
-小角散乱と計算科学の統合アプローチ-
お知らせ
金井きみよ事務補佐員が着任しました。
お知らせ
柚木康弘博士研究員が着任しました。
活動報告
杉山教授のインタビュー記事が国立大学附置研究所・センター会議のWebサイトに掲載されました。
URLアイコン http://shochou-kaigi.org/interview/interview_91/
活動報告
『中性子散乱のための重水素化マニュアル』を公開しました。
----Deuteration Aiming for Neutron Scattering (DANS)----
URLアイコン files/DeuterationAimingForNeutronScattering_ver13.pdf
研究成果
Biophysics and Physicobiology誌に以下の論文が掲載されました。
A. Okuda‡, R. Inoue‡, K. Morishima, T. Saio, Y. Yunoki, M. Yagi-Utsumi, H. Yagi, M. Shimizu, N. Sato, R. Urade, K. Kato, M. Sugiyama,
"Deuteration Aiming for Neutron Scattering",
Biophysics and Physicobiology, 18 (2021) 16-27.
URLアイコン  https://doi.org/10.2142/biophysico.bppb-v18.003
研究成果
Scientific Reports誌に以下の論文が掲載されました。
A. Okuda, M. Shimizu, K. Morishima, R. Inoue, N. Sato, R. Urade, M. Sugiyama,
"Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-?MD simulation",
Scientific Reports, 11 (2021) 5655.
URLアイコン  https://doi.org/10.1038/s41598-021-85219-0
研究成果
Communications Biology誌に以下の論文が掲載されました。
R. Hirano, Y. Arimura, T. Kujirai, M. Shibata, A. Okuda, K. Morishima, R. Inoue, M. Sugiyama, H Kurumizaka, "Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome", Communications Biology, 4 (2021) 191.
URLアイコン  https://doi.org/10.1038/s42003-021-01707-z
研究成果
Journal of Biochemistry誌に以下の論文が掲載されました。
N. Sato‡, R. Yogo‡, S. Yanaka, A. Martel, L. Porcar, K. Morishima, R. Inoue, T. Tominaga, T. Arimori, J. Takagi, M. Sugiyama, K. Kato,
"A feasibility study of inverse contrast-matching small-angle scattering method combined with size exclusion chromatography using antibody interactions as model systems",
Journal of Biochemistry, 169 (2021) 701-708.
URLアイコン  https://doi.org/10.1093/jb/mvab012

研究活動

基礎研究

研究風景

基礎科学における発見・検証・発明は知の飛躍をもたらし、研究から生まれる「先端技術」は新たな価値を創造し社会の発展に寄与します。私たちは最新鋭の実験手法・実験装置を用い、誰も思いつかなかった手法を考え出し、誰も見たことがない現象を見つけ出し、誰も知らなかった原理を解き明かします。

≫基礎研究

教育活動

指導風景

杉山研究室は京都大学理学研究科 物理学・宇宙物理学専攻/物理学第一教室協力講座(生体分子構造)です。学部や学年を超えた実践型の教育を実施しています。農学・物理学・工学をベースとしたナノスケールにおけるタンパク質の構造解析を通して、中性子生物学の面白さを学んでください。

≫研究室志望の方

国際共同研究

共同研究風景

杉山研究室では国内外の分光器を利用して各分野をリードする研究室との国際共同実験、共同研究を展開しています。現地に行き、異文化にふれ、物理以外の研究の世界を見る事で視野が広がります。世界・日本の多くの一流の研究者と直に知り合い、他大学・他分野の学生と友達になれます。

≫プロジェクト