研究室を志望する学生を募集しています。
ようこそ杉山研究室へ！
私たちの研究室は、自然豊かな大阪府熊取町の京都大学複合原子力科学研究所にあります。他に類のない実験装置群を備える充実した研究環境の中で粒子線を用いたナノスケールのタンパク質複合体構造解析を行っています。 また実験は国内外の原子炉・加速器中性子源に設置された最先端の施設も利用して行います。 研究室では、若い研究者が個性を発揮し、伸び伸びと研究しています。 博士・修士課程、学部4回生を希望される方、 これまでの研究や出身大学を問わず意欲をもって共に研究に取り組んでみようという学生や若手を歓迎します。旅行好きの方も大歓迎です。 研究室の見学や相談なども歓迎しています。気軽にお問い合わせ下さい。
≫研究室志望者の方News＆Information
- 活動報告
- 杉山研究室の研究についての動画が、国立大学共同利用・共同研究拠点協議会ホームページ、知の拠点【すぐわかアカデミア。】にて配信されました。
国立大学共同利用・共同研究拠点協議会 知の拠点【すぐわかアカデミア。】
2023/10/20 講演83 「すぐにわかる溶液散乱 ータンパク質の「動き」を捉えるー」
- お知らせ
- 奥田綾助教が複合原子力科学フロンティア研究プロジェクト(京都大学複合原子力科学研究所)准教授に異動、就任しました。
- お知らせ
- 清水将裕特任助教が助教に就任しました。
- お知らせ
- 杉山研究室は新研究棟へ引っ越ししました。
- お知らせ
- 佐藤信浩助教が新試験研究炉産学共同研究部門(京都大学複合原子力科学研究所)特定教授に異動、就任しました。
- お知らせ
- 北口真琴事務補佐員(テクニシャン)が着任しました。
- お知らせ
- 柚木康弘博士研究員が京都大学iPS細胞研究所に転出しました。
- 活動報告
- 奥田綾助教の研究成果が読売新聞オンラインに掲載されました。
- Newspaper article (The Yomiuri Shimbun) 2023/02/23
創造への多様性 京大の多彩な最先端 京大附置研シンポ
＜６＞体内機能との関係解く
- 活動報告
- 福井県立若狭高校の実習を行いました。
- 研究成果
- Angewandte Chemie 誌に以下の論文が掲載されました。
- Aya Okudak†, Masahiro Shimizu†, Rintaro Inoue, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama,
†: equal contribution
"Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance"
Angewandte Chemie, (2022)
https://doi.org/10.1002/ange.202214412
- Press release from Kyoto univ. 2022/12/27
タンパク質の高効率・多段階連結反応を実現
－実験と計算の協働による新たなタンパク質標識戦略－
- Newspaper article (The Daily Industrial News) 2022/12/30
京大、たんぱく質「3ドメイン」で高効率・連結反応成功 計算予測を活用
- 活動報告
- 活動日記ページが更新されました。
- 2022/5/18-31, 6/16-20 中性子散乱実験（SANS-U@JRR-3)
- 研究成果
- Scientific Reports誌に以下の論文が掲載されました。
- Masahiro Shimizu, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Nobuhiro Sato, Yasuhiro Yunoki, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama,
"Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations"
Scientific Reports, 12 (2022) 9970
https://doi.org/10.1038/s41598-022-13982-9
- お知らせ
- ホームページをリニューアルしました。
- 研究成果
- Communications Biology誌に以下の論文が掲載されました。
- Y. Yunoki†, A. Matsumoto†, K. Morishima, A. Martel, L. Porcar, N. Sato, R. Yogo, T. Tominaga, R. Inoue, M. Yagi-Utsumi, A. Okuda, M. Shimizu, R. Urade, K. Terauchi, H. Kono, H. Yagi, K. Kato, M. Sugiyama,
†: equal contribution
"Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach",
Communications Biology, 5 (2022) 184
https://doi.org/10.1038/s42003-022-03143-z
- Press release from Kyoto univ. 2022/3/11
巨大タンパク質複合体による概日リズム制御
－小角散乱と計算科学の統合アプローチ－
- お知らせ
- 金井きみよ事務補佐員が着任しました。
- お知らせ
- 柚木康弘博士研究員が着任しました。
- 活動報告
- 杉山教授のインタビュー記事が国立大学附置研究所・センター会議のWebサイトに掲載されました。
http://shochou-kaigi.org/interview/interview_91/
- 活動報告
- 『中性子散乱のための重水素化マニュアル』を公開しました。
----Deuteration Aiming for Neutron Scattering (DANS)----
files/DeuterationAimingForNeutronScattering_ver13.pdf
- 研究成果
- Biophysics and Physicobiology誌に以下の論文が掲載されました。
- A. Okuda‡, R. Inoue‡, K. Morishima, T. Saio, Y. Yunoki, M. Yagi-Utsumi, H. Yagi, M. Shimizu, N. Sato, R. Urade, K. Kato, M. Sugiyama,
‡: equal contribution
"Deuteration Aiming for Neutron Scattering",
Biophysics and Physicobiology, 18 (2021) 16-27.
https://doi.org/10.2142/biophysico.bppb-v18.003
- 研究成果
- Scientific Reports誌に以下の論文が掲載されました。
- A. Okuda†, M. Shimizu†, K. Morishima, R. Inoue, N. Sato, R. Urade, M. Sugiyama,
†: equal contribution
"Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-?MD simulation",
Scientific Reports, 11 (2021) 5655.
https://doi.org/10.1038/s41598-021-85219-0
- 研究成果
- Communications Biology誌に以下の論文が掲載されました。
- R. Hirano, Y. Arimura, T. Kujirai, M. Shibata, A. Okuda, K. Morishima, R. Inoue, M. Sugiyama, H Kurumizaka,
"Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome",
Communications Biology, 4 (2021) 191.
https://doi.org/10.1038/s42003-021-01707-z
- 研究成果
- Journal of Biochemistry誌に以下の論文が掲載されました。
- N. Sato‡, R. Yogo‡, S. Yanaka, A. Martel, L. Porcar, K. Morishima, R. Inoue, T. Tominaga, T. Arimori, J. Takagi, M. Sugiyama, K. Kato,
‡: equal contribution
"A feasibility study of inverse contrast-matching small-angle scattering method combined with size exclusion chromatography using antibody interactions as model systems",
Journal of Biochemistry, 169 (2021) 701-708.
https://doi.org/10.1093/jb/mvab012
研究活動
基礎研究
基礎科学における発見・検証・発明は知の飛躍をもたらし、研究から生まれる「先端技術」は新たな価値を創造し社会の発展に寄与します。私たちは最新鋭の実験手法・実験装置を用い、誰も思いつかなかった手法を考え出し、誰も見たことがない現象を見つけ出し、誰も知らなかった原理を解き明かします。
≫基礎研究教育活動
杉山研究室は京都大学理学研究科 物理学・宇宙物理学専攻/物理学第一教室協力講座(生体分子構造)です。学部や学年を超えた実践型の教育を実施しています。農学・物理学・工学をベースとしたナノスケールにおけるタンパク質の構造解析を通して、中性子生物学の面白さを学んでください。
≫研究室志望の方国際共同研究
杉山研究室では国内外の分光器を利用して各分野をリードする研究室との国際共同実験、共同研究を展開しています。現地に行き、異文化にふれ、物理以外の研究の世界を見る事で視野が広がります。世界・日本の多くの一流の研究者と直に知り合い、他大学・他分野の学生と友達になれます。
≫プロジェクトLinks
大学関係
- 京都大学：http://www.kyoto-u.ac.jp/
- 京都大学複合原子力科学研究所（旧称：原子炉実験所)：https://www.rri.kyoto-u.ac.jp/
- 京都大学大学院 理学研究科・理学部：http://www.sci.kyoto-u.ac.jp/ja/
- 京都大学大学院 理学研究科 物理学・宇宙物理学専攻：http://www.scphys.kyoto-u.ac.jp/
研究施設
- 東京大学物性研究所・附属中性子科学研究施設（ISSP）：https://www.issp.u-tokyo.ac.jp/maincontents/organization/nsl.html
- 高エネルギー加速器研究機構（KEK）：https://www.kek.jp/ja/
- 大強度陽子加速器研究施設（j-PARC）：http://j-parc.jp/c/index.html
- 日本原子力研究開発機構 原子力科学研究所（JRR-3）：https://jrr3.jaea.go.jp/index.htm
- 放射光実験施設(Photon Factory)：https://www2.kek.jp/imss/pf/
- Los Alamos National Security（LANSCE）：https://lansce.lanl.gov/
- Institute Laue-Langebin（ILL）：https://www.ill.eu/
- Paul Scherrer Institut (PSI)：https://www.psi.ch/en/sinq
- ISIS：http://www.rri.kyoto-u.ac.jp/SANS_analysis/
