沿革
| 1956(昭和31)年 | 11月30日 | 第１回研究用原子炉設置準備委員会（初代委員長 湯川秀樹教授）開催 |
| 1958（昭和33）年 | 9月 | 関西研究用原子炉建設委員会（委員長 藤本武助教授）発足 |
| 1960年（昭和35）年 | 12月9日 | 建設地 大阪府泉南郡熊取町朝代地区に決定 |
| 2年21日 | 京都大学工学研究所（現エネルギー理工学研究所）に研究用原子炉建設本部（本部長 藤本武助教授）設置 | |
| 1961（昭和36）年 | 9月4日 | 原子炉設置承認申請書提出 |
| 12月1日 | 起工式 | |
| 1962（昭和37）年 | 3月15日 | 原子炉設置承認 |
| 4月1日 | 前記原子炉建設本部改組 京都大学に研究用原子炉建設本部（本部長 木村毅一教授，副本部長 丹羽義次教授）設置 | |
| 1963（昭和38）年 | 4月1日 | 京都大学附置研究所として原子炉実験所を設置 全国大学等の共同利用研究所として発足（この期を前後して事務棟，原子炉棟，工作棟，トレーサ棟，研究棟，廃棄物処理棟，中性子発生室，研究員宿泊所等が完成し，原子炉研究部門，原子炉設備研究部門，ホットラボ設備研究部門，計測装置研究部門，廃棄物処理設備研究部門，放射線管理研究部門の６研究部門設置） 初代所長 木村毅一教授就任 |
| 1964（昭和39）年 | 3月31日 | 中性子発生装置室竣工 |
| 6月25日 | ＫＵＲ初臨界到達 | |
| 8月17日 | ＫＵＲ定格出力１０００ｋＷに到達 | |
| 1965年（昭和40）年1月 | 1月 | 共同利用研究開始 |
| 1968（昭和43）年 | 4月1日 | 第２代所長 岡村誠三教授就任 |
| 7月16日 | ＫＵＲ定格出力５０００ｋＷに上昇 | |
| 1969（昭和44）年 | 3月24日 | ガンマ線照射棟竣工 |
| 4月1日 | 原子炉熱特性管理研究部門増設 | |
| 1972（昭和47）年 | 4月1日 | 第３代所長 柴田俊一教授就任 |
| 5月1日 | 臨界集合体実験装置の原子炉設置変更承認申請書提出 | |
| 8月24日 | 上記設置変更承認 | |
| 1974（昭和49）年 | 3月30日 | 臨界集合体棟竣工 |
| 8月6日 | 臨界集合体実験装置初臨界到達 | |
| 1975（昭和50）年 | 4月1日 | 附属原子炉応用センター設置 |
| 1976（昭和51）年 | 4月1日 | 放射線物性研究部門，原子炉核特性研究部門増設 |
| 5月10日 | 附属原子炉医療基礎研究施設設置 | |
| 10月1日 | 高中性子束炉（２号炉）の原子炉設置変更承認申請書提出 | |
| 1977（昭和52）年 | 4月18日 | 技術室設置 核生物学研究部門，原子炉計測制御研究部門，原子炉物理学研究部門，低速中性子物理学研究部門，放射 線化学研究部門，原子炉化学研究部門，原子炉化学工学研究部門の７部門増設 |
| 1978（昭和53）年 | 10月2日 | 高中性子束炉の原子炉設置変更承認 |
| 1979（昭和54）年 | 6月6日 | 京都大学熊取体育館竣工 |
| 1980（昭和55）年 | 4月1日 | 第４代所長 林 竹男教授就任 |
| 1982（昭和57）年 | 2月25日 | 環境放射能核種別分析測定室竣工 |
| 1983（昭和58）年 | 4月2日 | 第５代所長 岡本 朴教授就任 |
| 1986（昭和61）年 | 1月20日 | 使用済燃料室竣工 |
| 1989（平成元）年 | 4月2日 | 第６代所長 西原英晃教授就任 |
| 1990（平成2）年 | 7月31日 | 学術審議会報告「大学における研究用原子炉の在り方について」 |
| 12月6日 | 高中性子束炉撤回の原子炉設置変更承認申請書提出 | |
| 1991（平成3）年 | 2月4日 | 上記設置変更承認 |
| 1992（平成4）年 | 8月20日 | 京都大学「京都大学研究用原子炉（ＫＵＲ）の整備等について」を文部省学術国際局へ報告 |
| 1993（平成5）年 | 7月28日 | 学術審議会報告「大学における研究用原子炉の在り方について」 |
| 1995（平成7）年 | 平成7年4月1日 | 研究組織の改組（１６研究部門を原子炉安全管理研究部門、中性子科学研究部門、核エネルギー基礎研究部門、バックエン ド工学研究部門、応用原子核科学研究部門、放射線生命科学研究部門の６研究（大）部門に改組、２附属施設の原子炉医療基礎研究施設、原子炉応用センターの整備） |
| 4月2日 | 第７代所長 前田 豊教授就任 | |
| 1999（平成11）年 | 4月1日 | 第８代所長 井上 信教授就任 |
| 2003（平成15）年 | 4月1日 | 第９代所長 代谷誠治教授就任 研究組織の改組（６研究（大）部門を原子力基礎工学研究部門、粒子線基礎物性研究部門、放射線生命科学研究部門の３研究（大）部門に改組、２附属施設を合わせて原子力基礎科学研究本部、粒子線物質科学研究本部、放射線生命医科学研究本部体制を構築） |
| 2004（平成16）年 | 3月22日 | イノベーションリサーチラボ棟竣工 |
| 2005（平成17）年 | 4月1日 | 附属施設の改称（附属原子炉医療基礎研究施設を附属粒子線腫瘍学研究センターに改称） |
| 2006（平成18）年 | 4月1日 | 附属施設の改組（附属原子炉応用センターを附属安全原子力システム研究センターに改組） |
| 2008（平成20）年 | 4月1日 | 寄附研究部門（中性子医療高度化研究部門）設置（～平成29年3月31日） |
| 2009（平成21）年 | 3月4日 | FFAG陽子加速器－KUCA結合実験開始 |
| 4月1日 | 第10代所長 森山裕丈教授就任 | |
| 2010（平成22）年 | 4月1日 | 文部科学省認定（認定期間：2010～2015年度）共同利用・共同研究拠点 「複合原子力科学拠点」認定 |
| 4月15日 | KUR低濃縮ウラン炉心 初臨界到達 | |
| 5月12日 | KUR低濃縮ウラン炉心 定格出力5000kWに到達 | |
| 2015（平成27）年 | 4月1日 | 第11代所長 川端祐司教授就任 |
| 2016（平成28）年 | 4月1日 | 文部科学省認定（認定期間：2016～2021年度）共同利用・共同研究拠点 「複合原子力科学拠点」認定更新 |
| 2017（平成29）年 | 4月1日 | 寄附研究部門（基礎老化研究部門）設置（～令和2年3月31日） |
| 2018（平成30）年 | 4月1日 | 組織名の改称（原子炉実験所を複合原子力科学研究所に改称） 3研究本部制（原子力基礎科学研究本部、粒子線物質科学研究本部、放射線生命医科学研究本部）の廃止 |
| 2021（令和3）年 | 4月1日 | 第12代所長 中島健教授就任 |
| 2022（令和4）年 | 4月1日 | 文部科学省認定（認定機関：2022～2027年）共同利用・共同研究拠点 「複合原子力科学拠点」認定更新 |
| 2023（令和5）年 | 4月1日 | 第13代所長 黒﨑健教授就任 |
| 2023（令和5）年 | 4月1日 | 産学共同研究部門（新試験研究炉産学共同研究部門）設置 |
| 2023（令和5）年 | 4月28日 | 第二研究棟竣工 |
